A Universidade Eduardo Mondlane foi fundada no dia 21 de Agosto de 1962, sob a designação de Estudos Gerais Universitários de Moçambique, e em 1968 ascende à categoria de Universidade, sendo então designada Universidade de Lourenço Marques (ULM).

Entre 1963 e 1968 são abertos os cursos na área das Ciências: Física, Química, Geologia, Matemática e Biologia.

A partir de 1976 a ULM passa a designar-se por Universidade Eduardo Mondlane (UEM) e, nessa altura, inicia um processo de reformas curriculares e reestruturação interna. Cada curso de Ciências passa a constituir uma faculdade, passando a existir 5 Faculdades:

• Faculdade de Biologia
• Faculdade de Física
• Faculdade de Química
• Faculdade de Geologia e,
• Faculdade de Matemática

Em 1980 cria-se a Faculdade de Ciências (FC) integrando as Faculdades de Física, Química e Geologia, que se encontravam no mesmo Campus Universitário, e estas passam a ser designadas de Departamentos Académicos da FC. Cinco anos mais tarde, em 1985, a FC cria o Departamento de Ciências Básicas da Faculdade de Ciências “BUSCEP”.

A FC passa por uma reestruturação em 1992 e, a partir deste momento, passa a ser constituída por seis (6) Departamentos Académicos, nomeadamente: Biologia, Física, Química, Geologia, Matemática e Ciências Básicas (BUSCEP). Até então os Departamentos Académicos funcionavam dispersos, alguns no Campus Principal da UEM e outros no Campus da Faculdade de Engenharia.

Após esta reestruturação são elaborados planos de construção do Complexo da Faculdade de Ciências, que viria a permitir a congregação de todos os Departamentos, consegue-se o financiamento do Banco Mundial, iniciam-se as respectivas obras e em 2000 inaugura-se os primeiros edifícios da faculdade, pertencentes aos Departamentos de Física e Química.

Em 2001, a FC decide encerrar o BUSCEP e renova a sua estrutura orgânica que passa a ser constituída pelos cinco (5) Departamentos Académicos restantes, nomeadamente Biologia, Física, Química, Geologia, Matemática, e um (1) Centro de Investigação, a Estação de Biologia Marítima da Inhaca (EBMI).

Nos anos que se seguiram a Faculdade imprimiu novos esforços no sentido de prosseguir com o seu plano de construção do complexo da faculdade, conseguiu novo financiamento e iniciou as obras de construção de mais um edifício. Este último foi inaugurado em 2011 e acomoda desde então o Departamento de Matemática e Informática e o Departamento de Ciências Biológicas.

Nos últimos 10 anos, para fazer face aos desafios correntes da sociedade e alinhar-se ao novo posicionamento da UEM como uma universidade de investigação, foram criados alguns centros internos com o foco na pesquisa e extensão. O Centro de Pesquisa em Energia (CPE), o Centro de Pesquisas Estatísticas (CEPPES) e o Centro de Treinamento em Radioterapia (CTR) passam a integrar a estrutura orgânica da Faculdade de Ciências.

Actualmente, a Direcção da Faculdade está instalada no Campus Principal da UEM à semelhança dos seus Departamentos Académicos e Administrativos, incluindo o Departamento de Geologia que se transferiu do Campus da Faculdade de Engenharia em Janeiro de 2024, e de seus Centros de Pesquisa, com excepção da EBMI que está instalada na Ilha de Inhaca. As obras de construção do novo edifício que acomoda actualmente a Direcção da Faculdade e o Departamento de Geologia tiveram inicio em Outubro de 2019, com o financiamento conjunto do Banco Árabe para o Desenvolvimento Económico de África (BADEA) e do Governo de Moçambique. A inauguração deste edifício foi realizada no dia 24 de Janeiro de 2024.